מחקרים

הפקת cfDNA ממיימת מאפשרת לבצע בדיקות גנומיות בחולות סרטן השחלות

נוזל המיימת מאפשר הפקת cfDNA גידולי וביצוע אנליזות לצורך בדיקת BRCA ו-Homologous-Recombination deficiency, כחלופה לדגימה של הגידול

01.01.2024, 14:54

במחקר שממצאיו פורסמו בכתב העת 'Biomarker Research' מטרת החוקרים הייתה להעריך את ההיתכנות ואת התועלת במדידת genomic instability score (GIS) ב-cell-free DNAי(cfDNA) ממיימת.

כרקע לכך, מציינים החוקרים כי בדיקות גנומיות משחקות תפקיד מרכזי בניהול של סרטן השחלות, אך ישנו שיעור כשלון גבוה בהפקת DNA מביופסיות הנלקחות בעת לפרוסקופיות אבחנתית או ב-interval debulking surgery לאחר כימותרפיה ניאו-אדג'ובנטית. זאת ועוד, בעת הישנות לעיתים אין אפשרות ללקיחת ביופסיה.

במסגרת המחקר נאספו חולות שהשתתפו במחקר פרוספקטיבי והסכימו לביצוע אנליזה על דגימות ביולוגיות. החוקרים הפיקו cfDNA מתוך מ-1 עד 4 מיליליטר של מיימת טרייה שעברה צנטריפוגה כפולה. החוקרים ערכו על ה-cfDNA ריצוף ממוקד של הדור הבא (NGS - next generation sequencing), כולל מוטציה ב-TP53י(TP53m), על מנת לאשר את נוכחות ה-cfDNA בגידול. בנוסף, החוקרים ערכו Single Nucleotide Polymorphism Array להערכת ה-somatic copy number alterationsי(SCNA) על מנת לחשב את ה-GIS ל-Homologous-Recombination deficiencyי(HRD).

החוקרים אספו בסך הכל 29 דגימות מיימת מ-20 חולות המאובחנות עם סרטן השחלות או עם חשד לסרטן זה. ב-93% (27/29) מהדגימות היה cfDNA הניתן לזיהוי [חציון 1,120 ננוגרם (24-5,732)], גם כאשר הדגימות נלקחו במהלך טיפולי כימותרפיה.

החוקרים איתרו מוטציה מזיקה (deleterious mutation) ב-100%, עם high allelic frequency (חציון 60% [3.3-87%]), אשר מאשרת כי ה-cfDNA היה גידולי. אנליזות SCNA שנערכו ב-17 חולות הדגימו 11 GIS גבוה ו-6 GIS נמוך. כמו כן, ב-4 חולות המאומתות למוטציה של BRCA היה GIS גבוה במיימת. כמו כן, במידה והיו זמינים מאותה מטופלת, פרופילי ה-SCNA מהמיימת והגידול היו superimposable.

לסיכום, מיימת שכיחה בעת האבחון והישנות בחולות אלו, ומאפשרת להפיק כמויות גדולות של cfDNA גידולי. ממצאי החוקרים מצביעים על כך שאנליזת SCNA אפשרית לביצוע על cfDNA ממיימת, ומאפשרת לזהות את אותה צלקת HRD כמו בעת דגימת הגידול. עוד מוסיפים החוקרים כי בדיקת המיימת עשויה לספק חלופה לדגימת הגידול לצורך בדיקת HRD ו-BRCA.

מקור:

Kfoury, M., Hazzaz, R.E., Sanson, C. et al. Circulating Tumor DNA from Ascites as an alternative to tumor sampling for genomic profiling in ovarian cancer patients. Biomark Res 11, 93 (2023). https://doi.org/10.1186/s40364-023-00533-1

נושאים קשורים:  מחקרים,  סרטן שחלות,  מיימת,  ריצוף הדור הבא,  ctDNA
תגובות